Не зна се поуздано када је основана Будимска епархија, претпоставља се да је то било 40-их година 17. века. На то подручје досељавало се српско православно становништво из крајева под управом Турске. Тако је већ 1511. сазидана црква у Коморану, а потом и манастир Грабовац.
После Велике сеобе Срба (1690) око 37 хиљада српских породица нашло се на територији Угарске од тога око 8 хиљада породица у Сентандреји. По одобрењу цара Леополда Првог дана 4. марта 1695. митрополит Јефтимије Поповић потврђен је у звању будимског епископа. Пуна титула гласила је „епископ будимски, пештански, сентандрејски, стонобеоградски, сечујски, сигетски, мухачопољски“. То је почетак процвата Будимске епархије.
Током 18. века изграђен је велики број храмова у овој епархији, углавном у барокном стилу. У Сентандреји је крајем 19. века било свега 617 православних житеља, а 1924. само 231 се изјаснило као Срби. Због смањења броја православних верника епархија је била принуђена да неке храмове уступи Католичкој цркви, тако да је за неколико деценија изгубила 16 храмова из 18. века.
Будимска епархија обухвата парохије у Мађарској и две у Чешкој. Према подацима из 2002, епархија има два архијерејска намесништва са 39 парохија и 11 свештеника и два манастира, Грабовац и Српски Ковин. После Другог светског рата, епархија није имала устоличеног епископа него се њом углавном администрирало из Београда, све док 1988. није за епископа постављен владика Данило Крстић. Библиотека Будимске епархије у Сентандреји има преко 9.400 књига. Ту се налази и Српски православни музеј.
Епископи Будимске епархије до сада били су: (непотпун списак)
Епископ Лукијан такође администрира и Темишварском епархијом.